三重県の新築住宅の全館空調のデメリットですが、光熱費が通常よりも高くなります。長時間にわたり設備を稼働させる仕様なので、一年を通して維持費が高くなり、切り替えた後は負担が増加します。ただし、近年ではこのデメリットが克服された全館空調のシステムが普及してきており絶対に個別空調よりも割高とは言えなくなりました。
エコ運転機能を実装した設備なら、維持費を大幅に軽減でき、住まいやビル自体が元々光熱費が掛からない仕組みで建てられていたら、全館空調のデメリットは緩和され、ほとんど既存の物と変わらないコストに落ち着くのです。
部屋の中が全館空調だと乾燥しやすい、というデメリットは新旧関わらず生じるデメリットとなります。全館空調の仕様として常に暖房の熱が常に部屋の中を循環しているため、普通の家よりも空気が乾きやすく、適度な湿気がなくなるため、喉が渇きやすくなったり、室内のホコリやウイルスや侵入した花粉が飛散しやすいのがネックです。